目前，中心定位为校级机构，校-院两级管理，并实行“五个统一”的管理模式，统一制定规章制度、统一管理仪器设备、统一安排教学任务、统一协调临床师资、统一技能考试标准，实现了资源共享和高效管理。结合中心发展建设，中心内部设置基础技能实验平台、综合技能实验平台、远程多媒体视频与软件教学平台、腔镜手术训练平台、临床技能考试中心、临床实践基地六个模块。
基础技能实验平台：主要实现诊断、内科、急救、妇产科以及护理等学科的基本操作技能的训练。

　　综合技能实验平台：由模拟ICU、急救室、模拟手术室、模拟产房和儿科重症监护PICU组成，围绕急救、重症监护、内科、妇产科、儿科综合技能，利用HPS、ECS等高级生理驱动模型和标准化病人(SP)，将临床的常见病例开发成教学案例，培训学生的医患沟通能力、急救处理能力、疾病综合诊治能力和团队协作能力等。

　　远程多媒体视频与软件教学平台：实现开放式网络化多媒体教学，以及医院手术现场直播等远程教学，同时对中心各实验室进行监控，便于开展国际化的回顾讨论式教学。

　　腔镜手术训练平台：腔镜手术操作是手术科室医生必须具备的技能，腔镜技能训练是医学生必备的技能培训之一。腔镜手术训练平台建设涵盖“虚拟-动物-大体-临床”四个层次，保障腔镜手术技能训练的系统化、规范化。

　　临床技能考试中心：实施“三段式”临床技能考试，统一组织专家命题、统一组织考试、统一改卷评分，保证考核的统一标准和评分的公平性。

　　临床实践基地：包括5所综合性附属医院（附属第一医院、附属第二医院、附属第三医院、附属第五医院、附属第六医院），3所专科医院（中山眼科中心、肿瘤防治中心、光华口腔医院）。此外，还拥有五所非直属附属医院和20所教学医院以及社区实习基地。